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Ein DNA-Assemblierungs-Toolkit zur Erschließung des CRISPR/Cas9-Potenzials für die Stoffwechseltechnik – Kommunikationsbiologie

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  • Nielsen, J., Larsson, C., van Maris, A. & Pronk, J. Metabolic Engineering von Hefe zur Herstellung von Kraftstoffen und Chemikalien. Curr. Meinung. Biotechnol. 24, 398-404 (2013).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • DiCarlo, JE et al. Genom-Engineering in Saccharomyces cerevisiae unter Verwendung von CRISPR-Cas-Systemen. Nukleinsäuren Res. 41, 4336-4343 (2013).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Schwartz, CM, Hussain, MS, Blenner, M. & Wheeldon, I. Synthetische RNA-Polymerase III-Promotoren erleichtern die hocheffiziente CRISPR-Cas9-vermittelte Genombearbeitung in Yarrowia lipolytica. ACS-Synth. Biol. 5, 356-359 (2016).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Raschmanová, H., Weninger, A., Glieder, A., Kovar, K. & Vogl, T. Implementierung von CRISPR-Cas-Technologien in konventionellen und nichtkonventionellen Hefen: Aktueller Stand und Zukunftsaussichten. Biotechn. Erw. 36, 641-665 (2018).

    Artikel  PubMed  Google Scholar 

  • Tsai, CS et al. Schnelles und markerfreies Refactoring von Xylose-fermentierenden Hefestämmen mit Cas9/CRISPR. Biotechn. Bioeng. 112, 2406-2411 (2015).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Jessop-Fabre, MM et al. EasyClone-MarkerFree: Ein Vektor-Toolkit zur markerlosen Integration von Genen in Saccharomyces cerevisiae über CRISPR-Cas9. Biotechn. J. 11, 1110-1117 (2016).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Wang, L. et al. Effiziente CRISPR-Cas9-vermittelte Multiplex-Genombearbeitung in Hefen. Biotechnol. Biokraftstoffe 11, 277 (2018).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Liu, Q. et al. CRISPR-Cas9-vermittelte genomische Multiloci-Integration in Pichia Pastoris. Mikro. Zellfakt. 18, 44 (2019).

    Artikel  Google Scholar 

  • Holkenbrink, C. et al. EasyCloneYALI: CRISPR/Cas9-basierte synthetische Toolbox für das Engineering der Hefe Yarrowia lipolytica. Biotechn. J. 13, e1700543 (2018).

    Artikel  PubMed  Google Scholar 

  • Laughery, MF et al. Neue Vektoren für die einfache und optimierte Bearbeitung des CRISPR-Cas9-Genoms in Saccharomyces cerevisiae. Hefe 32, 711-720 (2015).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Cai, P., Gao, J. & Zhou, Y. CRISPR-vermittelte Genombearbeitung in nichtkonventionellen Hefen für biotechnologische Anwendungen. Mikro. Zellfakt. 18, 63 (2019).

    Artikel  Google Scholar 

  • Kretzschmar, A. et al. Erhöhte homologe Integrationsfrequenz in Yarrowia lipolytica Stämme mit Defekt in der nicht homologen Endverbindung. akt. Genet 59, 63-72 (2013).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Babaei, M. et al. Entwicklung von ölhaltiger Hefe als Wirt für die fermentative Bernsteinsäureproduktion aus Glucose. Vorderseite Bioeng. Biotechnologie. 27, 361 (2019).

    Artikel  Google Scholar 

  • Gao, C. et al. Robuste Bernsteinsäureproduktion aus Rohglycerin unter Verwendung technischer Methoden Yarrowia lipolytica. Biotechnol. Biokraftstoffe 9, 179 (2016).

    Artikel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Milne, N. et al. Stoffwechseltechnik von Saccharomyces cerevisiae für die De-novo-Produktion von Psilocybin und verwandten Tryptaminderivaten. Metab. Ing. 60, 25-36 (2020).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Makanae, K., Kintaka, R., Makino, T., Kitano, H. & Moriya, H. Identifizierung dosisempfindlicher Gene in Saccharomyces cerevisiae mit der Methode des genetischen Tauziehens. Genom Res 23, 300-311 (2013).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Giaever, G. et al. Funktionelle Profilierung der Saccharomyces cerevisiae Genom. Natur 418, 387-391 (2002).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Adames, NR, Gallegos, JE & Peccoud, J. Hefe-Geninteraktionsscreenings im Zeitalter von CRISPR/Cas. akt. Genet 65, 307-327 (2019).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Babaei, M. et al. Erweiterung des EasyClone-MarkerFree-Toolkits für Saccharomyces cerevisiae Genom mit neuen Integrationsstellen. FEMS Hefe-Res. 21, foab027 (2021).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Yu, W., Gao, J., Zhai, X. & Zhou, YJ Screening neutraler Stellen für das Metabolic Engineering methylotropher Hefe Ogataea polymorpha. Synth. Syst. Biotechn. 6, 63-68 (2021).

    Artikel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Li, M. et al. Die CRISPR-vermittelte Multigen-Integration ermöglicht die Umgestaltung des Shikimat-Signalwegs für eine verbesserte 2-Phenylethanol-Biosynthese in Kluyveromyces marxianus. Biotechnol. Biokraftstoffe 14, 3 (2021).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Brady, JR et al. Identifizierung verbesserter Stellen für die heterologe Genintegration mithilfe von ATAC-seq. ACS-Synth. Biol. 9, 2515-2524 (2020).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Lee, ME, DeLoache, WC, Cervantes, B. & Dueber, JE Ein hochcharakterisierter Hefe-Toolkit für den modularen, mehrteiligen Aufbau. ACS-Synth. Biol. 4, 975-986 (2015).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Nguyen, N., Quail, MMF & Hernday, AD Ein effizientes, schnelles und recycelbares System für die Crisp-vermittelte Genombearbeitung in Candida albicans. mSphere 2, e00149–17 (2017).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Gowers, G.-OF et al. Verbesserte Betulinsäure-Biosynthese durch synthetische Hefe-Chromosomen-Rekombination und halbautomatisches schnelles LC-MS-Screening. Nat. Commun 11, 868 (2020).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Zhang, Y. et al. Ein gRNA-tRNA-Array für CRISPR-Cas9-basiertes schnelles Multiplex-Genom-Editing in Saccharomyces cerevisiae. Nat. Commun 10, 1053 (2019).

    Artikel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Li, XT et al. tCRISPRi: einstellbare und reversible, einstufige Kontrolle der Genexpression. Sci. Rep. 6, 39076 (2016).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • McCleary, WR Anwendung von Promotor-Swapping-Techniken zur Kontrolle der Expression chromosomaler Gene. Appl Microbiol Biotechnol. 84, 641-648 (2009).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Rajkumar, AS, Varela, JA, Juergens, H., Daran, J.-MG & Morrissey, JP Biologische Teile für Kluyveromyces marxianus synthetische Biologie. Vorderseite Bioeng. Biotechnologie. 7, 97 (2019).

    Artikel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Weninger, A. et al. Erweiterung des CRISPR/Cas9-Toolkits für Pichia Pastoris mit effizienter Spenderintegration und alternativen Resistenzmarkern. J. Zellbiochem 119, 3183-3198 (2018).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Storici, F., Durham, CL, Gordenin, DA & Resnick, MA Chromosome ortsspezifische Doppelstrangbrüche werden durch Oligonukleotide in Hefe effizient für die Reparatur gezielt. Proc. Natl Acad. Sci. Vereinigte Staaten von Amerika 100, 14994-14999 (2003).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Park, YK & Ledesma-Amaro, R. Was macht Yarrowia lipolytica gut geeignet für die Industrie? Trends Biotechnologie. 41, 242-254 (2023).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Larroude, M., Trabelsi, H., Nicaud, J.-M. & Rossignol, T. Eine Reihe von Yarrowia lipolytica CRISPR/Cas9-Vektoren zur Nutzung der Wildtyp-Stammvielfalt. Biotechnol. Lette. 42, 773-785 (2020).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Baisya, D., Ramesh, A., Schwartz, C., Lonardi, S. & Wheeldon, I. Genomweite Funktionsscreenings ermöglichen die Vorhersage hochaktiver CRISPR-Cas9- und -Cas12a-Leitfäden in Yarrowia lipolytica. Nat. Commun 13, 922 (2022).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Schwartz, C. & Wheeldon, I. CRISPR-Cas9-vermittelte Genombearbeitung und Transkriptionskontrolle in Yarrowia lipolytica. Methoden Mol. Biol. 1772, 327-345 (2018).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Celińska, E. et al. Golden Gate Assembly-System, das sich der Manipulation komplexer Pfade widmet Yarrowia lipolytica. Mikro. Biotechnologie. 10, 450-455 (2017).

    Artikel  Google Scholar 

  • Larroude, M. et al. Ein modulares Golden Gate-Toolkit für Yarrowia lipolytica synthetische Biologie. Mikro. Biotechnologie. 12, 1249-1259 (2019).

    Artikel  CAS  Google Scholar 

  • Li, YW et al. YALIcloneNHEJ: Ein effizientes modulares Klonierungs-Toolkit für die NHEJ-Integration des Multigen-Signalwegs und der Terpenoidproduktion in Yarrowia lipolytica. Vorderseite Bioeng. Biotechnologie. 9, 816980 (2021).

    Artikel  PubMed  Google Scholar 

  • Egermeier, M., Sauer, M. & Marx, H. Golden Gate-basierte Metabolic Engineering-Strategie für Wildtyp-Stämme von Yarrowia lipolytica. FEMS Microbiol Lett. 366, fnz022 (2019).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Bredeweg, EL et al. Eine molekulargenetische Toolbox für Yarrowia lipolytica. Biotechnol. Biokraftstoffe 10, 2 (2017).

    Artikel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Wong, L., Engel, J., Jin, E., Holdridge, B. & Xu, P. YaliBricks, ein vielseitiges genetisches Toolkit für optimiertes und schnelles Pathway Engineering in Yarrowia lipolytica. Metab. Eng. Kommun. 5, 68-77 (2017).

    Artikel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • He, Q., Szczepańska, P., Yuzbashev, TV, Lazar, Z. & Ledesma-Amaro, R. De-novo-Produktion von Resveratrol aus Glycerin durch Entwicklung verschiedener Stoffwechselwege in Yarrowia lipolytica. Metab. Eng. Kommun. 11, e00146 (2020).

    Artikel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Juretzek, T. et al. Vektoren zur Genexpression und Amplifikation in der Hefe Yarrowia lipolytica. Hefe 18, 97-113 (2001).

    <a data-track="click" rel="nofollow noopener" data-track-label="10.1002/1097-0061(20010130)18:23.0.CO;2-U” data-track-action=”article reference” href=”https://doi.org/10.1002%2F1097-0061%2820010130%2918%3A2%3C97%3A%3AAID-YEA652%3E3.0.CO%3B2-U” aria-label=”Article reference 43″ data-doi=”10.1002/1097-0061(20010130)18:23.0.CO;2-U”>Article  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Albert, H., Dale, EC, Lee, E. & Ow, DW Ortsspezifische Integration von DNA in Wildtyp- und mutierte Lachsstellen im Pflanzengenom. Pflanze J. 7, 649-659 (1995).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Martínez, LM, Martinez, A. & Gosset, G. Produktion von Melaninen mit rekombinanten Mikroorganismen. Vorderseite Bioeng. Biotechnologie. 7, 285 (2019).

    Artikel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Shen, B. et al. Fermentative Produktion von Vitamin-E-Tocotrienolen in Saccharomyces cerevisiae unter kälteschockgetriggerter Temperaturkontrolle. Nat. Commun 11, 5155 (2020).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Ben Tahar, I., Kus-Liśkiewicz, M., Lara, Y., Javaux, E. & Fickers, P. Charakterisierung eines ungiftigen Pyomelaninpigments, das von der Hefe produziert wird Yarrowia lipolytica. Biotechn. Prog. 36, e2912 (2020).

    PubMed  Google Scholar 

  • Luttik, MAH et al. Linderung der Rückkopplungshemmung in Saccharomyces cerevisiae Biosynthese aromatischer Aminosäuren: Quantifizierung der metabolischen Wirkung. Metab. Ing. 10, 141-153 (2008).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Lütke-Eversloh, T. & Stephanopoulos, G. L-Tyrosin-Produktion durch deregulierte Stämme von Escherichia coli. Appl. Mikrobiol. Biotechn. 75, 103-110 (2007).

    Artikel  PubMed  Google Scholar 

  • Chao, YP, Lai, ZJ, Chen, P. & Chern, JT Erhöhte Umwandlungsrate von L-Phenylalanin durch Kopplungsreaktionen von Aminotransferasen und Phosphoenolpyruvatcarboxykinase in Escherichia coli K-12. Biotechn. Prog. 15, 453-458 (1999).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Romagnoli, G. et al. Löschung der Saccharomyces cerevisiae ARO8 Das Gen, das für eine aromatische Aminosäuretransaminase kodiert, steigert die Phenylethanolproduktion aus Glucose. Hefe 32, 29-45 (2015).

    CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Liu, Q. et al. Neuverkabelung des Kohlenstoffstoffwechsels in Hefe für die Produktion aromatischer Chemikalien auf hohem Niveau. Nat. Commun 10, 4976 (2019).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Gu, Y., Ma, J., Zhu, Y., Ding, X. & Xu, P. Engineering Yarrowia lipolytica als Chassis für die De-novo-Synthese von fünf aus Aromaten gewonnenen Naturprodukten und Chemikalien. ACS-Synth. Biol. 9, 2096-2106 (2020).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Larroude, M., Onésime, D., Rué, O., Nicaud, JM & Rossignol, T. A Yarrowia lipolytica Stamm, der für die Pyomelaninproduktion entwickelt wurde. Mikroorganismen 9, 838 (2021).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Schmaler-Ripcke, J. et al. Produktion von Pyomelanin, einer zweiten Art von Melanin, über den Tyrosin-Abbauweg in Aspergillus fumigatus. Anwendungsumgebung. Mikrobiol 75, 493-503 (2009).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Fernández-Cañón, JM & Peñalva, MA Charakterisierung eines Maleylacetoacetat-Isomerase-Gens aus Pilzen und Identifizierung seines menschlichen Homologen. J. Biol.. Chem. 273, 329-337 (1998).

    Artikel  PubMed  Google Scholar 

  • Bassel, J., Hambright, P., Mortimer, R. & Bearden, AJ Mutante der Hefe Saccharomycopsis lipolytica das Protorphyrin IX ansammelt und ausscheidet. J. Bakteriol. 123, 118-122 (1975).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Barth, G. & Weber, H. Genetische Studien an der Hefe Saccharomycopsis lipolytica. Inaktivierung und Mutagenese. Z. Allg. Mikrobiol. 23, 147-157 (1983).

    CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Tai, M. & Stephanopoulos, G. Entwicklung des Push-and-Pull-Prinzips der Lipidbiosynthese in ölhaltiger Hefe Yarrowia lipolytica für die Biokraftstoffproduktion. Metab. Ing. 15, 1-9 (2013).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Larroude, M., Rossignol, T., Nicaud, JM & Ledesma-Amaro, R. Werkzeuge der synthetischen Biologie für die Technik Yarrowia lipolytica. Biotechn. Erw. 36, 2150-2164 (2018).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Xiong, X. & Chen, S. Erweiterung der Toolbox für die Genexpression von Yarrowia lipolytica um neuartige induzierbare, reprimierbare und hybride Promotoren einzuschließen. ACS-Synth. Biol. 9, 2208-2213 (2020).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Zhao, Y. et al. Hybrid-Promoter-Engineering-Strategien in Yarrowia lipolytica: Isoamylalkohol-Produktion als Teststudie. Biotechnol. Biokraftstoffe 14, 149 (2021).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Fernández-Cañón, JM et al. Mäuse mit Maleylacetoacetat-Isomerase (MAAI/GSTZ)-Mangel zeigen einen Glutathion-abhängigen nichtenzymatischen Bypass im Tyrosinkatabolismus. Mol. Zellbiol. 22, 4943-4951 (2002).

    Artikel  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Yuzbasheva, EY et al. Der mitochondriale Citratträger in Yarrowia lipolytica: Seine Identifizierung, Charakterisierung und funktionelle Bedeutung für die Herstellung von Zitronensäure. Metab. Ing. 54, 264-274 (2019).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Sambrook, J., Fritsch, EF & Maniatis, T. Molekulares Klonen: Ein Laborhandbuch. (Cold Spring Harbor Laboratory, 1989). https://books.google.co.uk/books/about/Molecular_Cloning.html?id=8WViPwAACAAJ&redir_esc=y. März 23, 2023.

  • Gibson, DG et al. Enzymatischer Aufbau von DNA-Molekülen mit bis zu mehreren hundert Kilobasen. Nat. Methoden 6, 343-345 (2009).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Weber, E., Engler, C., Gruetzner, R., Werner, S. & Marillonnet, S. Ein modulares Klonsystem für den standardisierten Zusammenbau von Multigenkonstrukten. PLoS One 6, e16765 (2011).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Yu, D. et al. Ein effizientes Rekombinationssystem für das Chromosomen-Engineering in Escherichia coli. Proc. Natl. Acad. Sci. Vereinigte Staaten von Amerika 97, 5978-5983 (2000).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Datsenko, KA & Wanner, BL Einstufige Inaktivierung chromosomaler Gene in Escherichia coli K-12 unter Verwendung von PCR-Produkten. Proc. Natl. Acad. Sci. Vereinigte Staaten von Amerika 97, 6640-6645 (2000).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Russell, CB & Dahlquist, FW Austausch von chromosomalen und Plasmid-Allelen in Escherichia coli durch Selektion auf Verlust eines dominanten Antibiotika-Empfindlichkeitsmarkers. J. Bakteriol. 171, 2614-2618 (1989).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

  • Shabbir Hussain, M., Gambill, L., Smith, S. & Blenner, MA Technische Promotorarchitektur in Ölhefe Yarrowia lipolytica. ACS-Synth. Biol. 5, 213-223 (2016).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Borsenberger, V. et al. Mehrere Parameter bestimmen die Effizienz von CRISPR/Cas9-induzierten Genveränderungen Yarrowia lipolytica. J.Mol. Biol. 430, 4293-4306 (2018).

    Artikel  CAS  PubMed  Google Scholar 

  • Blazeck, J., Liu, L., Redden, H. & Alper, H. Tuning der Genexpression in Yarrowia lipolytica durch einen Hybrid-Promoter-Ansatz. Appl. Umgebung. Mikrobiol 77, 7905-7914 (2011).

    Artikel  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

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