Kammerer, C. y col. Máquinas monomoleculares biomiméticas y tecnomiméticas. química Letón. 48, 299 – 308 (2019).
Feringa, BL El arte de construir lo pequeño: desde interruptores moleculares hasta motores moleculares. J. Org. química 72, 6635 – 6652 (2007).
Bath, J. y Turberfield, AJ ADN nanomáquinas. Nat. Nanotecnol 2, 275 – 284 (2007).
Erbas-Cakmak, S., Leigh, DA, McTernan, CT y Nussbaumer, AL Máquinas moleculares artificiales. Chem Rdo. 115, 10081 – 10206 (2015).
Feng, Y. et al. Bombas y motores moleculares. Mermelada. Chem. Soc. 143, 5569 – 5591 (2021).
von Delius, M. y Leigh, DA Moléculas andantes. Chem Soc. Rdo. 40, 3656 – 3676 (2011).
Chakraborty, K., Veetil, AT, Jaffrey, SR y Krishnan, Y. Nanodispositivos basados en ácidos nucleicos en imágenes biológicas. Annu. Rev. Biochem. 85, 349 – 373 (2016).
Cui, C. y col. Un nanodispositivo de ADN dirigido a lisosomas se dirige selectivamente a los macrófagos para atenuar los tumores. Nat. Nanotecnol 16, 1394 – 1402 (2021).
Stommer, P. y col. Un sistema de transporte molecular tubular sintético. Nat. Comun. 12, 4393 (2021).
Li, Y. et al. Transporte sin fugas de extremo a extremo de moléculas pequeñas a través de nanocanales de ADN de longitud micrométrica. ciencia Adv. 8, eabq4834 (2022).
Kamiya, Y. & Asanuma, H. Nanomáquina de ADN impulsada por luz con un motor molecular fotorresponsivo. Acc. Chem Res. 47, 1663 – 1672 (2014).
Marras, AE, Zhou, L., Su, HJ y Castro, CE Movimiento programable de los mecanismos de origami de ADN. Proc. Natl Acad. Sci. Estados Unidos 112, 713 – 718 (2015).
Kudernac, T. y col. Movimiento direccional impulsado eléctricamente de una molécula de cuatro ruedas sobre una superficie metálica. Naturaleza 479, 208 – 211 (2011).
Ragazzon, G., Baroncini, M., Silvi, S., Venturi, M. y Credi, A. Movimiento molecular autónomo y direccional impulsado por la luz de un sistema de autoensamblaje disipativo. Nat. Nanotecnol 10, 70 – 75 (2015).
Erbas-Cakmak, S. et al. Motores moleculares rotativos y lineales impulsados por pulsos de un combustible químico. Ciencia: 358, 340 – 343 (2017).
Amano, S., Fielden, SDP y Leigh, DA Una bomba molecular artificial impulsada por catálisis. Naturaleza 594, 529 – 534 (2021).
Pumm, AK y cols. Un motor de trinquete giratorio de origami de ADN. Naturaleza 607, 492 – 498 (2022).
Shi, X. y col. Rotación unidireccional sostenida de un rotor de ADN autoorganizado en un nanoporo. Nat. física 18, 1105 (2022).
Wilson, MR y cols. Un motor autónomo de molécula pequeña alimentado químicamente. Naturaleza 534, 235 – 240 (2016).
Baroncini, M. y col. Fabricar y operar máquinas moleculares: un desafío multidisciplinario. QuímicaAbierto 7, 169 – 179 (2018).
Valero, J., Pal, N., Dhakal, S., Walter, NG y Famulok, M. Un nanomotor de rotor-estator de ADN biohíbrido que se mueve a lo largo de pistas predefinidas. Nat. Nanotecnol 13, 496 – 503 (2018).
Poppleton, E., Mallya, A., Dey, S., Joseph, J. & Sulc, P. Nanobase.org: un depósito de nanoestructuras de ADN y ARN. Nucleic Acids Res. 50, D246 – D252 (2022).
Zhou, L., Marras, AE, Su, HJ y Castro, CE Nanoestructuras compatibles con origami de ADN con propiedades mecánicas ajustables. ACS Nano 8, 27 – 34 (2014).
Shi, Z., Castro, CE y Arya, G. Dinámica conformacional de nanoestructuras de ADN mecánicamente compatibles a partir de simulaciones de dinámica molecular de grano grueso. ACS Nano 11, 4617 – 4630 (2017).
Los, GV et al. HaloTag: una nueva tecnología de etiquetado de proteínas para imágenes celulares y análisis de proteínas. ACS química. Biol. 3, 373 – 382 (2008).
Valero, J. & Famulok, M. Regeneración de puentes quemados en un andador de catenano de ADN. Angew. Chem. En t. Ed. Engl. 59, 16366 – 16370 (2020).
Yu, Z. y col. Un actuador lineal de ADN rotaxano autorregulado impulsado por energía química. Mermelada. Chem. Soc. 143, 13292 – 13298 (2021).
Scheres, SH RELION: implementación de un enfoque bayesiano para la determinación de la estructura crio-EM. J. Estructura. Biol. 180, 519 – 530 (2012).
Pereira, MJ y cols. Las moléculas individuales de ribozima VS revelan un plegamiento dinámico y jerárquico hacia la catálisis. J. Mol. Biol. 382, 496 – 509 (2008).
Sabanayagam, CR, Eid, JS y Meller, A. Uso de la transferencia de energía por resonancia de fluorescencia para medir distancias a lo largo de moléculas de ADN individuales: correcciones debidas a una transferencia no ideal. J. Chem. física 122, 061103 (2005).
Guajardo, R., López, P., Dreyfus, M. y Sousa, R. Los efectos de la concentración de NTP en la transcripción inicial por T7 RNAP indican que la translocación se produce mediante deslizamiento pasivo y revelan que los promotores divergentes tienen distintos requisitos de concentración de NTP para la iniciación productiva. J. Mol. Biol. 281, 777 – 792 (1998).
Koh, HR y cols. Correlación del inicio de la transcripción y los cambios conformacionales mediante una ARN polimerasa de una sola subunidad con resolución cercana al par de bases. Mol. célula 70, 695–706 e695 (2018).
Tang, GQ, Roy, R., Bandwar, RP, Ha, T. & Patel, SS Observación en tiempo real de la transición desde el inicio de la transcripción hasta el alargamiento de la ARN polimerasa. Proc. Natl Acad. Sci. Estados Unidos 106, 22175 – 22180 (2009).
Kim, JH y Larson, RG Análisis de una sola molécula de difusión 1D y alargamiento de la transcripción de la ARN polimerasa T7 a lo largo de moléculas de ADN estiradas individuales. Nucleic Acids Res. 35, 3848 – 3858 (2007).
Martin, CT, Muller, DK y Coleman, JE Procesividad en las primeras etapas de la transcripción por la ARN polimerasa T7. Bioquímica 27, 3966 – 3974 (1988).
Lee, S., Nguyen, HM y Kang, C. Pequeñas transcripciones de iniciación abortivas ejercen actividad antiterminación en un terminador intrínseco dependiente de horquilla de ARN. Nucleic Acids Res. 38, 6045 – 6053 (2010).
Henderson, KL y cols. ARN polimerasa: cinética paso a paso y mecanismo de inicio de la transcripción. Bioquímica 58, 2339 – 2352 (2019).
Revyakin, A., Liu, C., Ebright, RH y Strick, TR La iniciación abortiva y la iniciación productiva mediante la ARN polimerasa implican la trituración del ADN. Ciencia: 314, 1139 – 1143 (2006).
Shen, H. y Kang, C. Contacto de dos sitios de transcripciones alargadas con la ARN polimerasa del fago T7 en las regiones C-terminales. J. Biol.. Chem. 276, 4080 – 4084 (2001).
Ouldridge, TE, Louis, AA y Doye, JPK Propiedades estructurales, mecánicas y termodinámicas de un modelo de ADN de grano grueso. J. Chem. física 134, 085101 (2011).
Rovigatti, L., Sulc, P., Reguly, IZ y Romano, F. Una comparación entre enfoques de paralelización en simulaciones de dinámica molecular en GPU. J. Cómputo. química 36, 1 – 8 (2015).
Snodin, BE y cols. Introducir propiedades estructurales mejoradas y dependencia de la sal en un modelo de ADN de grano grueso. J. Chem. física 142, 234901 (2015).
Sulc, P. et al. Termodinámica dependiente de la secuencia de un modelo de ADN de grano grueso. J. Chem. física https://doi.org/10.1063/1.4754132 (2012).
Thomen, P. y col. ARN polimerasa T7 estudiada mediante mediciones de fuerza variando la concentración de cofactor. Biofis J. 95, 2423 – 2433 (2008).
Durniak, KJ, Bailey, S. y Steitz, TA La estructura de una ARN polimerasa T7 transcriptora en transición del inicio al alargamiento. Ciencia: 322, 553 (2008).
Ramezani, H. & Dietz, H. Construcción de máquinas con moléculas de ADN. Nat. Rev. Genet. 21, 5 – 26 (2020).
Yoon, J., Eyster, TW, Misra, AC y Lahann, J. Actuación impulsada por cardiomiocitos en microcilindros biohíbridos. Adv. Mate. 27, 4509 – 4515 (2015).
Sagara, Y. et al. Rotaxanos como transductores de fuerza fluorescentes mecanocrómicos en polímeros. Mermelada. Chem. Soc. 140, 1584 – 1587 (2018).
Chen, S. y col. Una lanzadera molecular artificial opera en bicapas lipídicas para el transporte de iones. Mermelada. Chem. Soc. 140, 17992 – 17998 (2018).
DeLuca, M., Shi, Z., Castro, CE y Arya, G. Nanotecnología de ADN dinámico: hacia dispositivos funcionales a nanoescala. Nanoescala Horiz. 5, 182 – 201 (2020).
Gerling, T., Wagenbauer, KF, Neuner, AM y Dietz, H. Dispositivos y ensamblajes dinámicos de ADN formados por componentes 3D de forma complementaria, sin emparejamiento de bases. Ciencia: 347, 1446 – 1452 (2015).
Skugor, M. y col. Caminante de ADN no autónomo fotocontrolado ortogonalmente. Angew. Chem. En t. Ed. Engl. 58, 6948 – 6951 (2019).
Wang, S. y col. Reconfiguración reversible inducida por la luz de redes dinámicas constitucionales basadas en ADN: aplicación a catálisis conmutable. Angew. Chem. En t. Ed. Engl. 57, 8105 – 8109 (2018).
Asanuma, H., Ito, T., Yoshida, T., Liang, X. y Komiyama, M. Fotorregulación de la formación y disociación de un dúplex de ADN mediante el uso de cis–trans Isomerización del azobenceno. Angew. Chem. En t. Ed. Engl. 38, 2393 – 2395 (1999).
Liu, M., Asanuma, H. y Komiyama, M. Promotor T7 unido a azobenceno para una fotorregulación eficiente de la transcripción. Mermelada. Chem. Soc. 128, 1009 – 1015 (2006).
Roy, R., Hohng, S. & Ha, T. Una guía práctica para FRET de una sola molécula. Nat. Métodos 5, 507 – 516 (2008).
Chandradoss, SD y cols. Pasivación de superficies para estudios de proteínas de una sola molécula. J. Vis. Exp. https://doi.org/10.3791/50549 (2014).
Ouldridge, TE, Sulc, P., Romano, F., Doye, JPK y Louis, AA Cinética de hibridación del ADN: cremallera, desplazamiento interno y dependencia de secuencia. Nucleic Acids Res. 41, 8886 – 8895 (2013).
Snodin, BEK y cols. Simulación directa del autoensamblaje de un pequeño origami de ADN. ac nano 10, 1724 – 1737 (2016).
Douglas, SM et al. Creación rápida de prototipos de formas de origami de ADN 3D con caDNAno. Nucleic Acids Res. 37, 5001 – 5006 (2009).
Suma, A. et al. TacoxDNA: un servidor web fácil de usar para simulaciones de estructuras complejas de ADN, desde cadenas simples hasta origami. J. Cómputo. química 40, 2586 – 2595 (2019).
Bohlin, J. y col. Diseño y simulación de nanoestructuras de ADN, ARN y proteínas híbridas-ácido nucleico con oxView. Nat. Protoc. 17, 1762 – 1788 (2022).
Poppleton, E. y col. Diseño, optimización y análisis de grandes nanoestructuras de ADN y ARN mediante visualización interactiva, edición y simulación molecular. Núcleo Ácidos Res. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa417 (2020)
Doye, JPK y cols. El modelo de grano grueso oxDNA como herramienta para simular origami de ADN. Métodos Mol. Biol. 2639, 93 – 112 (2023).
Skinner, GM, Kalafut, BS y Visscher, K. La tensión del ADN aguas abajo regula la estabilidad del complejo de iniciación de la ARN polimerasa T7. Biofis J. 100, 1034 – 1041 (2011).
Kimanius, D., Dong, L., Sharov, G., Nakane, T. & Scheres, SHW Nuevas herramientas para el análisis automatizado de partículas individuales crio-EM en RELION-4.0. Bioquímica j 478, 4169 – 4185 (2021).
Kremer, JR, Mastronarde, DN & McIntosh, JR Visualización por computadora de datos de imágenes tridimensionales usando IMOD. J. Estructura. Biol. 116, 71 – 76 (1996).
Mindell, JA y Grigorieff, N. Determinación precisa del desenfoque local y la inclinación de la muestra en microscopía electrónica. J. Estructura. Biol. 142, 334 – 347 (2003).
Rohou, A. & Grigorieff, N. CTFFIND4: estimación de desenfoque rápida y precisa a partir de micrografías electrónicas. J. Estructura. Biol. 192, 216 – 221 (2015).
Schindelin, J. y col. Fiji: una plataforma de código abierto para el análisis de imágenes biológicas. Nat. Métodos 9, 676 – 682 (2012).
Vester, B. & Wengel, J. LNA (ácido nucleico bloqueado): direccionamiento de alta afinidad de ARN y ADN complementarios. Bioquímica 43, 13233 – 13241 (2004).
- Distribución de relaciones públicas y contenido potenciado por SEO. Consiga amplificado hoy.
- PlatoData.Network Vertical Generativo Ai. Empodérate. Accede Aquí.
- PlatoAiStream. Inteligencia Web3. Conocimiento amplificado. Accede Aquí.
- PlatoESG. Carbón, tecnología limpia, Energía, Ambiente, Solar, Gestión de residuos. Accede Aquí.
- PlatoSalud. Inteligencia en Biotecnología y Ensayos Clínicos. Accede Aquí.
- Fuente: https://www.nature.com/articles/s41565-023-01516-x
